Den type organisasjonsstruktur et selskap velger å bruke, vil påvirke ansattes forhold, kundeservice og forretningsforhold. En organisk organisasjonsstruktur har til formål å gi fleksibilitet for endring som kan initieres av ansatte. En flat organisasjonsmodell som begrenser antall hierarkier i en organisasjon, er bygget opp rundt de ansatte eller arbeidernes tanker, behov og tilbakemeldinger. Mens en organisk organisasjonsstruktur oppfordrer demokrati på arbeidsplassen, har det ulemper som trenger overveielse.
Ingen grenser
Medlemmene av organisasjonen definerer en organisk organisasjonsstruktur grenser. Dette betyr at reglene, grensene og standardene kan endre seg, avhengig av gruppemedlemmene. Dette kan fungere godt i noen organisasjoner, men kan føre til grådighet og egoistiske motiver i stedet for bedriftsansvar. Mangel på grenser kan også påvirke kundeforholdet dersom en kunde får ulike svar på det samme spørsmålet.
Uproductive direktiver
Når lederskap gir direktiver, kan disse direktivene bli uproduktive på grunn av manglende motivasjon. For eksempel, hvis en organisk organisasjonsstruktur ble implementert i et lokalt rettshåndhevelsesbyrå, ville behovet for snargående og umiddelbar retning ikke eksistere. I denne situasjonen er det behov for en mer autoritativ organisasjonsstruktur der underordnede reagerer på bestillinger umiddelbart.
Ineffektivt lederskap
Hvis makten ligger i ansattes hender, kan det føre til ineffektivt lederskap. For eksempel, hvis de ansatte er vant til å styre seg selv og deretter lederens forsøk på å gjennomføre forandring, kan de ansatte ikke svare på retningen fordi de oppfatter seg som ledelsen. Ledelse i en organisk organisasjonsstruktur må forbli definert og aktivt involvert i beslutningsprosessen og politikkhåndhevelsesprosessen. En organisk organisasjonsstruktur kan også fjerne overordnet ledelse fra dagligdags virksomhet.
Kommunikasjonsbarrierer
En organisk organisasjonsstruktur kan skape kommunikasjonsbarrierer mellom avdelinger. Fordi avdelingene er selvstyrende, kan konflikter lett oppstå mellom to avdelinger som ikke ser ting på samme måte. En annen kommunikasjonsbarriere er mangelen på definisjon. Hvis hver avdeling definerer ulike retningslinjer forskjellig, kan en avdeling ikke forstå meldingen som en annen avdeling sender.